该院神经内科，成立于年，是全国首批神经病学博士学位授予点，拥有四大专业方向。现为WHO神经科学研究和培训合作中心、教育部国家重点学科等。临床研究重点在脑血管病、神经系统自身免疫病、帕金森氏病和老年痴呆等方向。年收治病人人以上，门诊就诊病人达40万人次。
第二、上海交通大医院该院神经内科创始人为徐德隆教授，现任科主任为刘军教授。学科设有多个亚专业，是全国声誉重点专科排行榜前十名常客。学科有强大的科研实力和训练有素的研究团队，多次获奖，并主持或参与了多项国家科研项目。
第三、医院该院神经内科，二级学科，创始于年，国内首批医学学科之一。年重建，朱文炳教授任主任，后汪昕教授带领质的提高。是上海市第三家获得国家临床重点专科建设项目的单位。目前有医师9名，技师4名，设有4个临床亚专科，疑难病例诊治能力稳步提升，具有一定影响力。秉承中山院训“严谨、求实、团结、奉献”，为学科发展奠定重要基石。
第四、上海交通大医院该院神经内科，成立于年，是我国最早开设神经医院之一。神经内科设有东院、南院和西院三个部分，共有床位94张。该科拥有一支专业的医学人才队伍，包括老一代知名专家和年轻医生团队，现有医师6人，其中副主任医师以上12人。东部神经内科门诊设有7个专病门诊，年平均门诊人次超过1万。神经内科设有独立急诊，开设脑卒中救治绿色通道，年救治约2.5万例危重患者。此外，神经内科还承担大量的教学和科研工作，每年培养研究生多名，并参加多部《神经病学》统编教材的编写。神经内科主办的《神经病学与神经康复学》杂志，以及科室人员在多个学术杂志担任编委，同时担任多个专科委员会的学术职务。
第五、上海交通大学医医院该院神经内科是上海市级脑卒中中心之一，也是神经内科医师规范化培训基地。该科拥有80张床位和重症监护室，每年门诊量约14万人次，收治住院病人例。现任科主任刘建仁博十，是上海市级脑卒中中心主任。该科在脑血管病和神经系统疑难疾病诊治方面有特色，尤其在急性脑血管病的介入治疗、耳石症的诊治和肌张力障碍等治疗方面有优势。每年开展神经介入手术台。近年来，该科在神经病学基础和临床研究方面发展迅速，承担了多项国家级和市级科研项目。未来，该科将致力于建设国家级高级卒中中心，全面发展眩晕、肉毒素治疗、帕金森和痴呆等亚专业。